Como já comentamos anteriormente, as necessidades de água doce, aumenta constantemente. Porém, a grande maioria dos cursos de água são abundantemente contaminados por despejos humanos e industriais, transformando-se em verdadeiros esgotos a céu aberto, como é o caso dos rios Tietê, em São Paulo, Arrudas, em Belo Horizonte, e tantos outros. Há três tipos básicos de poluição de água doce: A Poluição Biológica, a Física e a Química.
Poluição Biológica: Trata-se da poluição causada por detritos orgânicos, suscetíveis de sofrerem fermentação. É causada pelos esgotos da coletividade urbana e por despejos de indústrias. Pode se dizer que a poluição é causada por excesso de alimentos (eutrofização), despejados no ecossistema.
Seja ele rio, lagoa ou represa, substâncias orgânicas são consideradas poluentes energéticos porque são atacadas por bactérias da decomposição. A população dessas bactérias, em presença de alimentos abundantes, aumenta muito. Boa parte do oxigênio da água é utilizada pela respiração dessas bactérias. Populações de peixes e organismos aquáticos são muito sensíveis às mudanças na concentração de oxigênio. Lembre-se que no meio aquático, um dos fatores limite é o oxigênio, devido à sua baixa solubilidade na água.
O consumo total de oxigênio por parte da comunidade torna-se então muito maior do que sua produção pela fotossíntese ou sua entrada por difusão pela superfície aquática. As águas ficam cada vez mais turvas e isso dificulta a entrada de luz. Resultado: menos fotossíntese e portanto menos oxigênio ainda, alguns cuidados poderiam muitas vezes evitar a degradação ecológica de curso de água doce. Por exemplo, a quantidade de materiais orgânicos jogada no rio deve ser compatível com suas dimensões. Pequenos volumes de esgoto são capazes de condenar um pequeno rio, porém, podem ser totalmente inócuos num rio de maiores proporções. Não é somente o tamanho do rio que deve ser levado em conta, mas também a aeração: assim um rio encachoeirado ou que possua quedas d’água, renova seu oxigênio muito mais rapidamente do que um rio muito lento.
Poluição Física: compreende a poluição por resíduos radioativos e a poluição mecânica por acúmulo de detritos inertes, como argila e poeiras, que interferem na transparência da água e consequentemente na fotossíntese. A poluição física pode ser também térmica, quando a temperatura de um rio é elevada por meio de despejo ainda quentes. Muitas indústrias, por exemplo, usam água para refrigeração de suas máquinas. No Brasil, a indústria canavieira tem jogado nos rios água quente usada na evaporação de caldo de cana.